Az FLA-t 1986-ban alapította Bill Leeb (ex-Skinny Puppy) és Michael Balch. Az évtized közepén kialakuló elektro-indusztriál egyik vezéregyéniségévé nőtte ki magát az együttes. Két demó után, 1987-ben adták ki első lemezüket. Ekkor csatlakozott Rhys Fulber billentyűs, aki Leeb mellett az egyetlen igazán állandónak mondható tag. Balch 89-ben kilépett és a Ministry-ben kötött ki. Ebben az évben jelent meg a Gashed Senses and Crossfire, aminek egyik felvétele, a Digital Tension Dementia számos underground rajongót szerzett a bandának, és a DJ-k is előszeretettel játszották.

A 90-es Caustic Grip már klasszikus, az egy évvel későbbi Virus kislemez pedig világszere az indusztriál klubok kedvence lett.

1992-ben jelent meg a Tactical Neural Implant, amivel a FLA ott találta magát az indusztriál bandák legnépszerűbbjei között, a Nine Inch Nails és a Ministry mellett. Mindezt, ha lehet fokozni, akkor ők meg is tették két évvel később a Millennium-mal, ami egyszersmind a legkarakteresebb indusztriál rock/metal lemezek egyike a 90-es években.

A zenekar történetének kétségkívül ez volt a legsikeresebb időszaka, ami a 95-ös Hard Wired lemezben és a világkörüli turnéban csúcsosodott ki.

1997-ben Fulber kiszállt, és inkább producerként tevékenykedett (Fear Factory: Remanufacture, Paradise Lost: Symbol of Life). Ezután minden más lett, a 98-as FLAvour of the Weak-en már az elektronikáé a főszerep, következő lemezeiken (Implode 1999, Epitaph 2001) azonban visszatértek a korai hangzásvilágukhoz. Ekkor kilépett Fulber utóda, Chris Peterson, az FLA pedig gyakorlatilag feloszlott, mígnem 2003-ban Fulber váratlanul visszatért. A Civilization lemez már karrierjük egy újabb időszakát jelöli, épp mint az ezt követő Artificial Soldier, amit Leeb, Fulber és az ismét belépő Peterson trióban készít el. Új lemezük, a Fallout 2007 tavaszán jelent meg. A lemezzel Európa-turnét is lebonyolítottak, amelynek részeként 2007. július 17-én Budapestre a PeCsába is ellátogattak.